Переходим по ссылке https://help.kontur.ru/ke?t=OVHVJ9

Откроется окно, в котором нужно будет нажать кнопку "Скачать файл настройки"

Внизу окна браузера появится окно с запросом выполнить или сохранить файл. Нажимаем выполнить.

Image Modified

Если последует окно безопасности системы, нажимаем в нем кн. "Запустить"

Далее откроется окно "Сервис диагностики"

Image Modified

Нажимаем Сменить тип диагностики  и выбираем требуемую нам для работы

Image Modified

Далее нажать кнопку Начать диагностику

Image Modified

По результатам проверки выполнить необходимые действия, те что являются критичными для работы

Нажимаем на кнопку "Выполнить рекомендуемые действия"

Image Modified

Далее откроется перечень рекомендуемых к выполнению действий, необходимо поставить галочку напротив пункта "Скрывать сообщения КриптоПро о переходе на новый ГОСТ"

Нажимаем кнопку Начать установку и настройку.

2 Способ:

Для отключения данных предупреждений в КриптоПро CSP до 1 января 2019 года при работе с ОС Windows старше XP\Windows Server 2003 нужно создать в реестре следующие параметры типа QWORD и установить их равными 1d4a164f03e4000 (шестнадцатеричная система счисления):

Для 64-битных Windows:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_gen_2001
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_sign_2001

Для 32-битных Windows:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_gen_2001
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_sign_2001

Для отключения данных предупреждений в КриптоПро CSP при работе с ОС Windows XP\Windows Server 2003 нужно создать в реестре следующие параметры типа DWORD и установить их равными ffffffffff:

Для 64-битной ОС:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_gen_2001
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_sign_2001

Для 32-битной ОС:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_gen_2001
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\Cryptography\CurrentVersion\Parameters\warning_time_sign_2001

Способ 2 взят с сайта поддержки Крипто Про - https://support.cryptopro.ru/index.php?/Knowledgebase/Article/View/226